פנימיית בויאר, הפועלת לצד בית הספר, נועדה לתלמידים מכל רחבי הארץ בעלי יכולות לימודיות גבוהות המעוניינים בסביבה לימודית מאתגרת ובחברה איכותית. בפנימייה מקבלים החניכים את התמיכה והליווי הנדרשים למימוש כישוריהם. לאחר שעות הלימודים נחשפים חניכי הפנימייה למגוון רחב של חוגים, פעילויות חברתיות, משתתפים באירועי תרבות, ואף תורמים לקהילה בפעולות התנדבות מגוונות. חניכי הפנימייה מהווים כשליש מתלמידי בית הספר, והמפגש עם תלמידי ירושלים וסביבתה מעשיר את כלל התלמידים.
הצוותים של בית הספר והפנימייה מתאפיינים במסירות, במיומנות ובמקצועיות והם פועלים בתחושת שליחות. אנשי הצוות הם בעלי גישה פלורליסטית, ומחנכים לאורם של ערכי כבוד האדם, אהבת העם והארץ, רגישות ומודעות חברתית ואהבת ידע וחכמה.
עם תום הלימודים משתלבים בוגרי בית הספר והפנימייה במסגרות שירות שונות: שירות קרבי, מודיעין, מכינות קדם צבאיות, שנת-שירות, ומתבלטים בתרומתם. לאחר השירות פונים הבוגרים ללימודים אקדמיים, ומשתלבים בכל תחומי העשייה והחברה במדינת ישראל.
